Het Elkerliek ziekenhuis is een stichting. Conform de statuten zijn een Raad van Bestuur en een Raad van Toezicht ingesteld. De Raad van Bestuur is verantwoordelijk voor de volledige bedrijfsvoering en het voorbereiden van het beleid. De Raad van Toezicht houdt toezicht op het algemene beleid en de algemene gang van zaken. Daarnaast zijn er vier inspraak- en adviesorganen actief: de Cliëntenraad, de Ondernemingsraad, de Vereniging Medische Staf, het Verpleegkundig Staf Bestuur.
Vrienden van het Elkerliek is een onafhankelijke stichting die zich inspant om het verblijf van patiënten, familie en bezoekers in het Elkerliek ziekenhuis zo aangenaam mogelijk te maken. Dat gebeurt door het ondersteunen van projecten die niet binnen de reguliere ziekenhuisfinanciering vallen.